Ученые нашли «точку невозврата» для клетки: представлено математическое определение смерти

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com
| Мнение | Наука и космос

Клеточная смерть — явление столь же обыденное, сколь и загадочное. Мы привыкли к тому, что все живое конечно, будь то цветок в вазе, муравей на тропинке или сам человек. Но что, если заглянуть глубже, на уровень микромира? Оказывается, дать точное определение смерти клетки — задача нетривиальная. До недавнего времени четкого математического определения клеточной смерти просто не существовало, что создавало определенные трудности для биологических и медицинских исследований. Однако группа ученых из Токийского университета, кажется, нашла решение, предложив новаторский подход, основанный на принципах термодинамики и ферментативной кинетики.

От биологии к математике: новый взгляд на клеточную смерть

Представьте себе клетку как сложный биохимический завод. Внутри нее непрерывно протекают тысячи реакций, управляемых ферментами — своеобразными «рабочими» белками. Эти реакции поддерживают метаболизм, обеспечивают клетку энергией и позволяют ей выполнять свои функции. Но что происходит, когда этот «завод» выходит из строя? Как определить момент, когда жизнь угасает окончательно?

Клетка, иллюстрация
Автор: ИИ Copilot Designer//DALL·E 3 Источник: www.bing.com

Доктор Юсуке Химеока и его коллеги из Института универсальной биологии в Токио предложили подойти к этому вопросу с математической точки зрения. Они сформулировали гипотезу, согласно которой клеточную смерть можно определить как состояние, из которого клетка не способна вернуться к так называемому «репрезентативному состоянию жизни» — набору параметров, характеризующих здоровую, функционирующую клетку. Ключевым моментом здесь является обратимость: если клетка, даже находясь в критическом состоянии, может быть «перезагружена» путем модуляции активности ферментов, она считается живой. Если же никакие биохимические «манипуляции» не способны вернуть ее к «репрезентативному состоянию», клетка считается мертвой.

Стехиометрические лучи: путь к границе жизни и смерти

Для реализации своего подхода ученые разработали оригинальный вычислительный метод, получивший название «стехиометрические лучи». В основе метода лежит анализ ферментативных реакций и второго закона термодинамики. Как известно, второй закон термодинамики утверждает, что все процессы во Вселенной стремятся к увеличению энтропии — меры беспорядка. Живые системы, напротив, поддерживают высокую степень упорядоченности, затрачивая на это энергию.

Графическое описание предлагаемой схемы. Ученые рассматривают «смерть» как потерю управляемости предопределенными репрезентативными живыми состояниями (РЖС), X. Если данное состояние может быть управляемо обратно в РЖС посредством модуляции биохимических параметров (кратко определенных в основном тексте), состояние считается «живым». Если возврат к RLS невозможен, независимо от контроля, состояние считается «мертвым» в заданных рамках. Цитирование: Yusuke Himeoka, Shuhei A. Horiguchi, Tetsuya J. Kobayashi; arXiv:2403.02169 [physics.bio-ph] DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.02169
Автор: Yusuke Himeoka et al. Источник: arxiv.org

Метод стехиометрических лучей позволяет оценить, насколько далеко клетка отклонилась от состояния равновесия, соответствующего максимальной энтропии. Если отклонение невелико, клетка еще может быть «возвращена» к жизни путем модуляции активности ферментов. Однако если энтропия в системе достигает критического уровня, обратный процесс становится невозможным — клетка пересекает границу жизни и смерти.

Практическое применение и перспективы

Разработка метода стехиометрических лучей открывает новые горизонты для биологических и медицинских исследований. Он позволяет не только более точно определять клеточную смерть, но и количественно оценивать эффективность различных методов лечения и реанимации клеток. В перспективе, этот подход может быть использован для разработки новых стратегий борьбы с заболеваниями.

Диаграмма переходов дискретных состояний игрушечной метаболической модели. (A) Построение диаграммы переходов. Сначала вычисляется управляемость из/в все пары точек и строится направленный граф (верхний граф). В графе направленное ребро означает, что существует управление от состояния в хвосте стрелки к состоянию в голове стрелки. Узлы группируются в сильно связанные компоненты (средний граф). Граф компонентов получается путем слияния узлов, принадлежащих к одним и тем же сильно связанным компонентам, в один узел (нижний граф). (B) Точки, для которых вычисляется взаимная транзитивность. Точки сгруппированы и помечены сильно связанными компонентами (SCC). Пунктирные линии являются направляющими для глаз. Активный аттрактор (желтый квадрат) и неактивный аттрактор (розовый квадрат) показаны вместе. Обратите внимание, что зеленый треугольник находится на решетке, но не является активным аттрактором. (C) Диаграмма перехода SCCs. Только два SCC (розовый и желтый квадраты) содержат более одного состояния. Конечный СЦК (розовый квадрат, обозначен красным пунктирным прямоугольником), C∗, имеет только внутренние грани. Цитирование: Yusuke Himeoka, Shuhei A. Horiguchi, Tetsuya J. Kobayashi; arXiv:2403.02169 [physics.bio-ph] DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.02169
Автор: Yusuke Himeoka et al. Источник: arxiv.org

Конечно, метод стехиометрических лучей пока не лишен ограничений. В частности, он не применим к автономным системам — сложным молекулярным комплексам, которые способны к самосборке и саморегуляции. Однако, по словам доктора Химеоки, его команда работает над расширением метода, чтобы он мог быть применен и к этим более сложным биологическим объектам.

Работа японских ученых — это еще один шаг на пути к пониманию фундаментальных принципов жизни и смерти. Она демонстрирует, что даже такие, казалось бы, абстрактные понятия, как жизнь и смерть, могут быть описаны с помощью математического языка. Возможно, в будущем мы научимся не только определять, но и управлять клеточной смертью, что откроет совершенно новые возможности для биотехнологий.

1 комментарий

S
Что метод этих клоунов говорит нам о вирусах?
Сложное они измерять захотели, my ass.

Добавить комментарий

Сейчас на главной

Новости

Публикации

Чтобы рисовать, как ребенок, надо повзрослеть, или прогулка по «Бумажному саду» Сергея Макарова

Примерно раз в месяц галереи Винзавода обновляют экспозиции, и до 24 мая Totibadze Gallery будет демонстрировать серию работ «Бумажный сад» современного художника Сергея Макарова.

Для чего в горлышке бутылки подсолнечного масла есть прорези

Если внимательно посмотреть внутрь бутылки с подсолнечным маслом, можно заметить странные пластиковые «лепестки» или прорези в горлышке. Многие воспринимают их как элемент дизайна или думают, что...

Откуда берутся звездопады: как Солнце разрушает астероиды и формирует новые метеорные потоки на пути Земли

Наблюдая за ночным небом, люди часто видят метеоры — яркие вспышки, возникающие при сгорании космических частиц в атмосфере Земли. Астрономия связывает происхождение большинства...

Почему на некоторых зарядных кабелях есть утолщение

Если посмотреть на кабели разных зарядных устройств, часто, почти у самого штекера, можно заметить небольшое утолщение. Многие воспринимают его как элемент дизайна или просто не обращают внимания....

Вулкан, который работает как насос: как Этна выкачивает магму с 80-километровой глубины

Вулкан Этна, расположенный на восточном побережье Сицилии, остается одним из самых сложных объектов для геологического моделирования. Будучи самым активным вулканом Европы, он демонстрирует...

Шондонг: как нашли целую экосистему в сводах самой большой пещеры мира

В научной фантастике любят придумывать подземные миры, но один такой имеется в реальности на нашей Земле. Ниже я расскажу, как существует экосистема в сводах самой большой пещеры мира, как так...