Ученые нашли «точку невозврата» для клетки: представлено математическое определение смерти

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com
| Мнение | Наука и космос

Клеточная смерть — явление столь же обыденное, сколь и загадочное. Мы привыкли к тому, что все живое конечно, будь то цветок в вазе, муравей на тропинке или сам человек. Но что, если заглянуть глубже, на уровень микромира? Оказывается, дать точное определение смерти клетки — задача нетривиальная. До недавнего времени четкого математического определения клеточной смерти просто не существовало, что создавало определенные трудности для биологических и медицинских исследований. Однако группа ученых из Токийского университета, кажется, нашла решение, предложив новаторский подход, основанный на принципах термодинамики и ферментативной кинетики.

От биологии к математике: новый взгляд на клеточную смерть

Представьте себе клетку как сложный биохимический завод. Внутри нее непрерывно протекают тысячи реакций, управляемых ферментами — своеобразными «рабочими» белками. Эти реакции поддерживают метаболизм, обеспечивают клетку энергией и позволяют ей выполнять свои функции. Но что происходит, когда этот «завод» выходит из строя? Как определить момент, когда жизнь угасает окончательно?

Клетка, иллюстрация
Автор: ИИ Copilot Designer//DALL·E 3 Источник: www.bing.com

Доктор Юсуке Химеока и его коллеги из Института универсальной биологии в Токио предложили подойти к этому вопросу с математической точки зрения. Они сформулировали гипотезу, согласно которой клеточную смерть можно определить как состояние, из которого клетка не способна вернуться к так называемому «репрезентативному состоянию жизни» — набору параметров, характеризующих здоровую, функционирующую клетку. Ключевым моментом здесь является обратимость: если клетка, даже находясь в критическом состоянии, может быть «перезагружена» путем модуляции активности ферментов, она считается живой. Если же никакие биохимические «манипуляции» не способны вернуть ее к «репрезентативному состоянию», клетка считается мертвой.

Стехиометрические лучи: путь к границе жизни и смерти

Для реализации своего подхода ученые разработали оригинальный вычислительный метод, получивший название «стехиометрические лучи». В основе метода лежит анализ ферментативных реакций и второго закона термодинамики. Как известно, второй закон термодинамики утверждает, что все процессы во Вселенной стремятся к увеличению энтропии — меры беспорядка. Живые системы, напротив, поддерживают высокую степень упорядоченности, затрачивая на это энергию.

Графическое описание предлагаемой схемы. Ученые рассматривают «смерть» как потерю управляемости предопределенными репрезентативными живыми состояниями (РЖС), X. Если данное состояние может быть управляемо обратно в РЖС посредством модуляции биохимических параметров (кратко определенных в основном тексте), состояние считается «живым». Если возврат к RLS невозможен, независимо от контроля, состояние считается «мертвым» в заданных рамках. Цитирование: Yusuke Himeoka, Shuhei A. Horiguchi, Tetsuya J. Kobayashi; arXiv:2403.02169 [physics.bio-ph] DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.02169
Автор: Yusuke Himeoka et al. Источник: arxiv.org

Метод стехиометрических лучей позволяет оценить, насколько далеко клетка отклонилась от состояния равновесия, соответствующего максимальной энтропии. Если отклонение невелико, клетка еще может быть «возвращена» к жизни путем модуляции активности ферментов. Однако если энтропия в системе достигает критического уровня, обратный процесс становится невозможным — клетка пересекает границу жизни и смерти.

Практическое применение и перспективы

Разработка метода стехиометрических лучей открывает новые горизонты для биологических и медицинских исследований. Он позволяет не только более точно определять клеточную смерть, но и количественно оценивать эффективность различных методов лечения и реанимации клеток. В перспективе, этот подход может быть использован для разработки новых стратегий борьбы с заболеваниями.

Диаграмма переходов дискретных состояний игрушечной метаболической модели. (A) Построение диаграммы переходов. Сначала вычисляется управляемость из/в все пары точек и строится направленный граф (верхний граф). В графе направленное ребро означает, что существует управление от состояния в хвосте стрелки к состоянию в голове стрелки. Узлы группируются в сильно связанные компоненты (средний граф). Граф компонентов получается путем слияния узлов, принадлежащих к одним и тем же сильно связанным компонентам, в один узел (нижний граф). (B) Точки, для которых вычисляется взаимная транзитивность. Точки сгруппированы и помечены сильно связанными компонентами (SCC). Пунктирные линии являются направляющими для глаз. Активный аттрактор (желтый квадрат) и неактивный аттрактор (розовый квадрат) показаны вместе. Обратите внимание, что зеленый треугольник находится на решетке, но не является активным аттрактором. (C) Диаграмма перехода SCCs. Только два SCC (розовый и желтый квадраты) содержат более одного состояния. Конечный СЦК (розовый квадрат, обозначен красным пунктирным прямоугольником), C∗, имеет только внутренние грани. Цитирование: Yusuke Himeoka, Shuhei A. Horiguchi, Tetsuya J. Kobayashi; arXiv:2403.02169 [physics.bio-ph] DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.2403.02169
Автор: Yusuke Himeoka et al. Источник: arxiv.org

Конечно, метод стехиометрических лучей пока не лишен ограничений. В частности, он не применим к автономным системам — сложным молекулярным комплексам, которые способны к самосборке и саморегуляции. Однако, по словам доктора Химеоки, его команда работает над расширением метода, чтобы он мог быть применен и к этим более сложным биологическим объектам.

Работа японских ученых — это еще один шаг на пути к пониманию фундаментальных принципов жизни и смерти. Она демонстрирует, что даже такие, казалось бы, абстрактные понятия, как жизнь и смерть, могут быть описаны с помощью математического языка. Возможно, в будущем мы научимся не только определять, но и управлять клеточной смертью, что откроет совершенно новые возможности для биотехнологий.

1 комментарий

S
Что метод этих клоунов говорит нам о вирусах?
Сложное они измерять захотели, my ass.

Добавить комментарий

Сейчас на главной

Новости

Публикации

Когда 3D принтер выручает: Airless ракетка для пин-понга своими руками. Обзор процесса изготовления

Стандартные ракетки для настольного тениса, особенно те, что выдаются в пунктах проката, имеют один существенный недостаток: при замахе их сплошная плоскость создаёт сопротивление воздуха, которое...

Почему теория струн может оказаться единственно возможным описанием физической реальности

Главная и самая обоснованная претензия к теории струн заключается в принципиальной сложности ее экспериментальной проверки. Эта концепция, претендующая на статус окончательной теории всего,...

Убираем сухое, жидкое и даже засохшее: обзор моющего пылесоса Redkey W11 в тестах на всех покрытиях

Пылесосов много не бывает, поэтому время рассказать об очередной новинке в лице Redkey W11. Это вертикальный моющий пылесос в стильном дизайне, с мощным BLDC-электромотором, который создает...

Почему 90% людей — правши? Неочевидная связь между нашей походкой, эволюцией мозга и выбором руки

Девять из десяти человек на Земле используют правую руку для выполнения большинства повседневных задач. С точки зрения современной культуры и устройства нашего быта это абсолютная норма. Мы...

Глобальный стратегический резерв кленового сиропа: как работает «сладкая нефть» Северной Америки

В массовой культуре принято считать, что стратегические запасы государств ограничиваются нефтью, золотом или зерном. Однако в Северной Америке существует ресурс, чей оборот и значимость для...

Где находится город, который строится всего на неделю, и почему в конце его сжигают

Раз в год, а если быть совсем точным до дат, в последний понедельник августа в Неваде прямо посреди пустыни вырастает город. Со своим названием, правилами и нехилым населением, доходящим до 80...