Новый метод анализа клеток DynaTag показал, где встречаются белки и ДНК

Ученые Кельнского университета представили способ по‑новому смотреть на то, как в клетке взаимодействуют белки и ДНК, описав метод DynaTag в журнале Nature Communications. Технически метод рассчитан на работу с очень небольшим количеством материала и позволяет проследить, к каким участкам генома подсаживаются белки‑регуляторы в отдельных клетках.

Авторы работы занимаются белками, которые управляют включением и выключением генов, то есть определяют, какую программу выполняет каждая клетка. В отличие от давно применяемых подходов вроде ChIP‑seq, новый метод использует мягкие условия обработки ядра, ближе к естественной среде, поэтому лучше сохраняет реальные контакты белков с ДНК и снижает уровень фоновых сигналов. За счет этого удается точнее отметить на геноме участки, где такие контакты действительно происходят, и делать это даже при одноклеточном анализе.

В лабораторных моделях стволовых и опухолевых клеток исследователи проверили работу DynaTag на нескольких известных регуляторных белках. По их данным, метод позволяет за один опыт проследить распределение десятка и более белков и увидеть, как меняется картина связывания в разных состояниях клетки. Например, при переходе от стволовой клетки к более зрелой. При этом качество сигнала оказалось выше, чем у распространенных методов, использующих ферменты для пометки контактирующих с ДНК участков.

Разработчики подчеркивают, что DynaTag ориентирован на ситуации, когда исследователь располагает только малым объемом ткани. Например, при работе с биопсийными образцами. Такая возможность важна на фоне роста интереса к одноклеточным исследованиям в онкологии и биологии развития, где решающую роль играют редкие клетки и тонкие различия между ними. В дальнейшем команда рассчитывает, что подход можно будет адаптировать для анализа клинических образцов и уточнения механизмов болезни на уровне конкретных клеточных подтипов.

Источник: Новости мира и инноваций