Как из неживого зародилась жизнь? Как РНК учится копировать себя – ученые воссоздают первый шаг эволюции

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com
| Мнение | Наука и космос

Вопрос о том, как из безжизненной материи возникла жизнь, — пожалуй, одна из самых фундаментальных и волнующих загадок, стоящих перед человечеством. Мы привыкли к сложности и многообразию живого мира, но как всё началось? Каков был тот самый первый, робкий шаг от химического хаоса к упорядоченной системе, способной к самовоспроизведению? Долгое время учёные искали «молекулу-прародительницу», и РНК — рибонуклеиновая кислота — давно стала главным кандидатом на эту роль. И вот, кажется, исследователи подобрались ещё на один крошечный, но невероятно важный шажок к разгадке этой тайны, сумев в лаборатории запустить процесс, очень напоминающий самокопирование РНК.

Почему именно РНК? «Швейцарский нож» древнего мира

А почему, собственно, РНК? В современных клетках главные роли распределены: ДНК хранит генетическую информацию, а белки выполняют основную работу, в том числе катализируют химические реакции. РНК же часто воспринимается как своего рода «посредник» между ними. Но учёные предполагают, что на заре жизни всё могло быть иначе. Существует влиятельная гипотеза «РНК-мира», согласно которой именно РНК была той универсальной молекулой, которая и хранила наследственную информацию, и сама же катализировала реакции, необходимые для жизни. Представьте себе эдакий молекулярный швейцарский нож — одно устройство для множества задач!

Иллюстрация
Автор: ИИ Copilot Designer//DALL·E 3 Источник: www.bing.com

Ведь что нужно для старта жизни? Способность хранить «инструкцию» и способность эту инструкцию воспроизводить, да ещё и как-то влиять на окружающую «химию». РНК, как выяснилось, умеет и то, и другое. Она, как и ДНК, состоит из цепочки нуклеотидов, способных нести код. И, подобно некоторым белкам-ферментам, определённые молекулы РНК (их называют рибозимами) могут ускорять химические реакции. Это уникальное сочетание функций делает её идеальным претендентом на роль первой самовоспроизводящейся молекулы. Джеймс Эттуотер из Университетского колледжа Лондона метко замечает: «Это была та молекула, на которой держалась вся биология».

Задачка со звёздочкой: «липкая» проблема репликации

Звучит красиво, но на практике воссоздать самокопирующуюся РНК оказалось дьявольски сложно. Да, РНК может формировать двойную спираль, похожую на знаменитую ДНК-шную. И теоретически, процесс копирования должен быть схож: разделить спираль на две отдельные нити, а затем к каждой из них достроить комплементарную пару. Вуаля — две идентичные копии готовы!

Но тут-то и крылась загвоздка. Двойные спирали РНК оказались на редкость «липкими». Цепи так прочно цепляются друг за друга, что разделить их надолго, чтобы успеть достроить новые, — задача не из лёгких. Они так и норовят снова «застегнуться», как молния, не давая ферментам сделать свою работу. Как же преодолеть это упрямство?

a, Проблема разделения цепей: высокий энергетический барьер разделения цепей и скорость их повторного отжига (воссоединения) совместно ингибируют циклы репликации РНК. b, Копирование цепи РНК путём полимеризации тринуклеотидтрифосфатов (триплетов) на матрице РНК, катализируемое TPR (полимеразным рибозимом, использующим тринуклеотидтрифосфаты в качестве субстратов, структура из источника [21]). Ниже: субстраты для синтеза дуплекса A^D РНК. Отдельные цепи (A^+ и A^-) показаны гибридизованными с их комплементарными праймерами и триплетами. c, Катализируемая TPR полимеризация РНК с использованием дуплекса A^D (0,1 мкМ) или отдельных цепей (A^+, A^-) в качестве матриц; показан продукт A^- (вверху, флуоресцеиновый канал) и A^+ (внизу, канал Cy5). «Подкисленный A^D» предварительно инкубировали в 2,5 мМ HCl и нейтрализовали перед замораживанием реакций для инициации полимеризации РНК (-7 °C в течение 48 ч). Наблюдаемые процентные доли праймера, удлиненного более чем на 1 триплет или достигшего полной длины, приведены после вычитания уровней в контролях без матрицы (/). d, Влияние задержки добавления рибозима и триплета/праймера после нейтрализации подкисленной матрицы A^D на процент удлиненных праймеров. Аппроксимация кривой показывает, что A^D повторно отжигается (воссоединяется) с t1/2, равным 0,7 мкМ^-1 мин^-1 (черные кружки, n = 3). Добавление триплетов сразу после нейтрализации A^D (красные квадраты, n = 3) практически устраняет повторный отжиг цепей. ND, не обнаружено. e, Модифицированная схема цикла репликации РНК, обусловленного ингибированием повторного отжига цепей триплетными субстратами. Цитирование: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Trinucleotide substrates under pH-freeze-thaw cycles enable open-ended exponential RNA replication by a polymerase ribozyme. Nat. Chem. (2025). https://doi.org/10.1038/s41557-025-01830-y
Автор: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Источник: www.nature.com
Хитрый ход: магия триплетов и температурных качелей

И вот здесь команда Джеймса Эттуотера предложила изящное, почти хитроумное решение. Вместо того чтобы пытаться достраивать целые длинные цепи, они решили использовать короткие «кирпичики» — наборы из трёх нуклеотидов РНК, так называемые триплеты. Оказалось, что эти триплеты связываются с одиночной цепью РНК достаточно крепко, чтобы не дать ей снова соединиться со своей бывшей «напарницей», но при этом не настолько намертво, чтобы помешать дальнейшему процессу. «Три — это золотая середина,» поясняет Эттуотер, намекая, что более длинные фрагменты могли бы вносить ошибки при сборке.

Сам процесс напоминает хорошо срежиссированный химический танец. Сначала РНК-фермент в форме двойной спирали смешивают с этими триплетами. Затем раствор подкисляют и нагревают до внушительных 80°C. Это как следует «встряхивает» двойную спираль, заставляя её разойтись на отдельные нити. В этот момент триплеты получают шанс «прилипнуть» к нужным местам на этих нитях, формируя своего рода «перекладины» будущей новой спирали.

Дальше — резкая смена декораций. Раствор делают щелочным и стремительно охлаждают до -7°C. Вода начинает замерзать, а оставшаяся незамерзшая жидкость становится очень концентрированной. Именно в таких условиях РНК-фермент «просыпается» и начинает свою работу: он сшивает прилипшие триплеты в единую новую цепь.

Первые успехи и горизонты: что дальше?

Конечно, это пока не полная победа. Исследователям удалось таким образом скопировать участок длиной до 30 «букв» из РНК-фермента, который сам состоит из 180 «букв». Но это уже огромный прорыв! Это доказательство того, что принцип работает. Учёные полны оптимизма и считают, что, поработав над эффективностью своего РНК-фермента, они смогут добиться и полной репликации. Представьте себе: молекула, создающая точную копию самой себя в пробирке!

a, Схема противоречивых условий, необходимых для разделения цепей РНК (слева) и полимеризации триплетов (справа). b, Схема физико-химического циклирования, которая объединяет условия разделения цепей и полимеризации. Переключение pH приводит к накоплению KCl, а серийное разбавление позволяет продолжать циклирование путем восстановления исходных концентраций KCl и уровней рибозима и триплетных субстратов. c, Итеративная репликация модельного дуплекса РНК A^D и его составляющих цепей в репликационном буфере (матрица 4 nM, субстраты и праймеры из Рис. 1b). Также показаны (для сравнения) одноцикловая восьмидневная реакция полимеризации (1 x 8 дней) и четырехцикловые реакции, подвергающиеся двукратному разбавлению (4 ÷ 2), с последующим дополнительным циклом (5). Выходы полноразмерного удлинения праймера выражены в процентах относительно исходной матрицы. Для сравнения эффективностей в реакциях с разбавлением (4 ÷ 2) и пятицикловых реакциях их выходы следует удвоить (x2). Цитирование: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Trinucleotide substrates under pH-freeze-thaw cycles enable open-ended exponential RNA replication by a polymerase ribozyme. Nat. Chem. (2025). https://doi.org/10.1038/s41557-025-01830-y
Автор: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Источник: www.nature.com
Не просто химия: удивительные параллели с современной жизнью

А теперь самое интересное. Эта «очень простая молекулярная система», как её называет Эттуотер, таит в себе несколько крайне любопытных намёков. Во-первых, сама идея триплетов. Ведь в наших с вами клетках генетический код тоже триплетный! Каждая аминокислота, из которых строятся белки, кодируется последовательностью из трёх нуклеотидов. «Может существовать взаимосвязь между тем, как биология копировала свою РНК в прошлом, и тем, как биология использует РНК сегодня,» — предполагает Эттуотер. Невероятно, правда? Возможно, мы видим отголоски древнейшего механизма.

Более того, исследователи заметили, что триплеты, которые с наибольшей вероятностью участвовали бы в естественной репликации в далёком прошлом (те, что связываются наиболее прочно), — это как раз те, из которых, как считается, и состоял самый первый, примитивный генетический код. Ещё одно совпадение? Или ключ к пониманию того, как эволюционировал этот код?

Из пробирки — в древний мир: могли ли такие условия существовать на Земле?

Хорошо, в лаборатории всё получилось. А как насчёт реальных условий на молодой Земле? Могли ли такие «температурные качели» и изменения кислотности происходить естественным путём? Исследователи считают, что да. Процесс требует пресной воды, так что, скорее всего, это происходило на суше. Идеальными кандидатами выглядят геотермальные системы — горячие источники, гейзеры. «Необходимые компоненты можно найти на Земле и сегодня, — говорит Эттуотер. — Горячие источники Исландии могут иметь смешанные значения pH, включая такие же кислые, как те, что мы используем». Представьте себе: древний вулкан, у его подножия — тёплые озерца, где вода то нагревается, то остывает, то становится более кислой, то более щелочной… Идеальная «кухня» для зарождения жизни!

a, Дизайн субстратов для репликации и схема итеративной репликации библиотеки случайных последовательностей N17 РНК. Вначале матрицу библиотеки LibN17 смешивали в концентрации 8 нМ в репликационном буфере (включающем 0,9 мМ KCl и 20 нМ TPR) вместе с 20 нМ каждого из указанных праймеров (FITCrep, Cy5rep, PPPGUAGC, PPPGGACC) и 12 нМ каждого из всех 64 триплетов (PPPNNN). b, Продукты удлинения FITCrep из этой реакции анализировали через каждые пять циклов перед трехкратным серийным разбавлением. c, Количественная оценка общей амплификации продуктов ‘(3)n + 5'-регистра из b, рассчитанная как кратное увеличение интенсивности полосы за пять циклов, умноженное на разбавление реакции за пять циклов. Экспоненциальная аппроксимация дала эффективности амплификации за цикл, описанные в тексте. d, Реакции ставили как в a, но с затравкой 0,8 нМ обеих цепей одной из появившихся последовательностей дуплекса РНК из a-c (Rep(1-4)+ с Rep(1-4)−), обнаруженной при секвенировании каждой популяции продуктов конечных реакций из b) в качестве матрицы, используя их составляющие триплеты в качестве субстратов (средняя дорожка: триплеты из всех четырех последовательностей, но без матрицы). e, Циклирование как в a 0,8 нМ обеих цепей одного клона (показан здесь под его субстратами) без разбавления. Средние числа копий цепей (закрашенные оранжевые кружки, цепь FITC; незакрашенные синие кружки, цепь Cy5; включая полноразмерную и исходную матрицу) показаны для трех независимых реакций за цикл (прозрачные кружки). Пунктирные линии представляют собой экспоненциальные кривые, аппроксимированные до четырех циклов (x): цепь FITC = e0.38x, R2 = 0.997; цепь Cy5 = e0.20x, R2 = 0.984. Цитирование: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Trinucleotide substrates under pH-freeze-thaw cycles enable open-ended exponential RNA replication by a polymerase ribozyme. Nat. Chem. (2025). https://doi.org/10.1038/s41557-025-01830-y
Автор: Attwater, J., Augustin, T.L., Curran, J.F. et al. Источник: www.nature.com
Новый взгляд на старых знакомых: доинформационная эра РНК?

Комментарий Закари Адама из Висконсинского университета в Мадисоне добавляет ещё один интересный штрих. Он отмечает, что триплеты РНК в современных клетках выполняют чёткую информационную функцию — они «говорят» клетке, какую аминокислоту строить. Новая же работа, по его мнению, «может указывать на чисто химическую роль — неинформационную функцию — триплетов РНК-нуклеотидов, которую они могли выполнять до появления живой клетки». То есть, возможно, сначала эти триплеты были просто удобными химическими «конструкторами», а уже потом, в ходе эволюции, на них «нагрузили» информационную задачу. Это меняет наш взгляд на самые ранние этапы химической эволюции.

Заключение: больше, чем просто химия

Так что же мы имеем? Очередной элегантный эксперимент, ещё одну красивую научную статью? Нет, это нечто большее. Каждое такое исследование, пусть даже описывающее пока частичный успех, — это не просто шаг, а маленький прыжок в нашем понимании самих себя и нашего места во Вселенной. Разгадка тайны происхождения жизни — это не только удовлетворение научного любопытства. Это ключ к пониманию фундаментальных принципов, управляющих материей, и, возможно, даже к поиску жизни за пределами Земли. И хотя путь ещё долог, каждое такое открытие, как работа команды Эттуотера, делает этот путь чуточку короче и намного увлекательнее. Кто знает, может быть, мы действительно стоим на пороге воссоздания самого первого, самого главного шага жизни.

2 комментария

m
Кто захочет основательно почитать про эти вопросы — отсылаю к таким книгам, как Никитин — От туманности до клетки, и Марков — Рождение сложности. Также оба этих учёных, особенно Марков, прочитали много интереснейших и обширных лекций на темы абиогенеза, происхождения жизни и самых ранних этапов эволюции. На ютубе всё есть, ищущий да обрящет, как говорится)
c
Ничего в нашей вселенной не происходит без ведома тонких миров. И если кому-то их высших захотелось поиграться с молекулами — то так и будет. Но это не САМОПРОИЗВОЛЬНОЕ возникновение жизни. Это УПРАВЛЯЕМЫЙ процесс. Просто тех, кто этим процессом рулит вы никогда не увидите ))) Впрочем есть одна лазейка, но ученые за неё зарплату не получат, а значит каких-то прорывов ждать не приходиться. Но рано или поздно к этому придут, по некоторым оценкам на это уйдет от 80 до 100 лет. Так что просто ждём… процессы запущены, реальности сгенерированы, личности подготовлены )) остается пройти этот путь. Ну, а на статьи, про «оно само», будем дружно ржать. )

Добавить комментарий

Сейчас на главной

Новости

Публикации

Почти час уборки на одном заряде, гибкая штанга и датчик пыли. Обзор пылесоса Redkey P11

Предлагаю посмотреть на вертикальный аккумуляторный пылесос с гибкой штангой и без малого часом работы на одном заряде. Помогает этому встроенный датчик пыли, который анализирует уровень...

Обзор зарядного устройства Baseus Super GaN Desktop Charger 100W: GaN-транзисторы, 93% КПД и независимые порты

На рынке зарядных устройств Baseus давно зарекомендовал себя как производитель качественной и доступной продукции. Модель Super GaN Desktop Charger 100W — это настольное зарядное с...

Обзор смартфона POCO X8 Pro — что скрывается за заявленными характеристиками

POCO X8 Pro — современный смартфон среднего класса. В этой статье я расскажу, как прогнал его через синтетические тесты, проводил анализ поведения под длительной нагрузкой, оценивал...

История компании Sony: от радиоприемников до виртуальной реальности

Если посмотреть на историю Sony, можно заметить одну странную вещь. Эта компания постоянно оказывалась в нужном месте в нужное время. Но не потому что ей везло. А потому что она сама создавала эти...

Сколько на самом деле можно загружать белья в стиральную машину и чем грозит перегруз

Когда мы покупаем стиральную машину, первое, на что мы смотрим, помимо цены, — это цифра на наклейке. 5, 6, 7 или 8 килограммов. Кажется, что всё просто: купил машину на...

✦ ИИ  Как у динозавров появился встроенный в тело «кондиционер»?

Когда мы представляем динозавров, в воображении часто возникают гигантские существа, бродящие под палящим солнцем древней Земли. Но возникает логичный вопрос: как они вообще выживали в таком...