В Институте биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ РАН), Москва, работает кластер с 24 процессорами AMD Athlon MP 2200+ (12 узлов) с межпроцессорной средой Gigabit Ethernet. Кластер обеспечивает вычисления для задач расчета структуры и функций глобулярных и мембранных белков методами молекулярной динамики, Монте-Карло, моделирования на основании гомологии.
В первом российском Центре протеомных исследований (ЦПИ), Москва, на базе Научно-исследовательского института биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН установлен кластер с 32 процессорами AMD Athlon MP 2600+ (16 узлов) со средой Gigabit Ethernet. На кластере решаются задачи обработки больших объемов экспериментальных данных на пути «от генома до лекарства»: итеративные расчеты (молекулярная динамика, множественное выравнивание аминокислотных последовательностей) и разного рода скрининги баз данных (поиск в геномах генов-мишеней для создания новых лекарств, поиск потенциальных лигандов заданного белка-мишени и т. п.).
Сервер в Центре протеомных исследований
В Центре по химии лекарственных средств, Москва, проведена модернизация 8 процессорного кластера на AMD Athlon MP (4 узла). Один из результатов модернизации — улучшение пропускной способности интерфейсных карт SCI при межузловом обмене.
Кластер участвует в решении проблем структурной биологии и молекулярной фармакологии с интенсивным применением современных вычислительных методов от преобразований Фурье до сложных квантово-химических расчетов.
В Институте биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ РАН), Москва, установлен второй кластер на 32 процессорах AMD Athlon MP 2800+ (16 узлов) со средой Myrinet.
Кластер используется для тех же задач расчета структуры и функций глобулярных и мембранных белков методами молекулярной динамики, Монте-Карло, моделирования на основании гомологии.