XMPEG - это бесплатная утилита, во многом аналогичная программе FlaskMPEG. XMPEG выделяет MPEG2 и MPEG1 программные потоки и переводит их в другой формат, достигая максимального качества обработки и сокращая количество промежуточных обработок. Программа еще находится в начальной стадии разработки, но уже обладает большим количеством настроек и параметров, которыми вы можете смело оперировать.
Загружать XMPEG v.5.0 Alpha тут (1,2 Мб, Freeware, Windows 9x/ME/NT/2000/XP).