Компания NEC сообщила сегодня о доступности для заказа в Японии своего нового сервера Express5800/MD120La(-R), разработанного для ускоренного обсчёта неадгезивных межмолекулярных взаимодействий, вызванных межатомными и электрическими силами. Предназначен он для разработки новых лекарственных препаратов путём моделирования воздействия молекулярной структуры кандидата на роль активного компонента с целевым участком белковой молекулы (рецептором). Как отмечает производитель, разработка основывается большом опыте в производстве микросхем и собственно молекулярном моделировании.
Обсчёт структурных взаимодействий возлагается на специальный аппаратный ускоритель, называемый «MD Engine» (от слов molecular dynamics), который представляет из себя плату расширения и ускоряет примерно в 340 раз обсчёт модели взаимодействия молекулярной системы, содержащей 30 тыс. атомов в программной среде Amber. Собственно, под эту программу, которую производитель считает индустриальным стандартом подобных вычислений, и разрабатывалась плата. Метод просчёта поведения предполагаемого лекарства до начала химических и лабораторных тестов экономит очень много времени и способствует ускорению разработки и внедрения новых лекарств. Сейчас, после расшифровки значительной части генома человека, учёные яснее представляют себе функции белков и их активных участков (рецепторов) в развитии различных заболеваний, что повышает роль математического моделирования ещё больше.
Производитель особо отмечает не только возросшую скорость, но и повышенную точность вычислений, что часто помогает избежать ошибок. Кроме поддержки самой программы Amber возможна поставка к ней дополнительного модуля, позволяющего управлять расчетами с клиентского терминала и визуализировать их результаты, а также содержащего дополнительные библиотеки функций.
Физически система представляет собой рядовой сервер на базе 1-2 процессоров 64-bit Intel Xeon 3,8 ГГц, FSB800 МГц, 2 Мб кэша. Исполнение пьедестальное либо стоечное 2U, 1-4 Гб памяти (DDR 333 или DDR2-400 в рэке), 2-6 дисков SCSI 73,2 Гб, 2 PCI-E 8x + PCI в башенном варианте или 3 PCI-X 64 бит 66 МГц в рэке. Операционная система Red Hat Enterprise Linux AS3 (+ ES3 в рэковом варианте).
Отличает Express5800/MD120La(-R) от других подобных изделий инсталлированная плата MD Engine и ПО Amber разработки Калифорнийского Университета в комплекте. Сервера уже доступны для заказа в Японии, стартовая цена в минимальной конфигурации 3,4 млн. йен. В течение трёх лет NEC планирует реализовать полторы тысячи таких систем. Всемирная сеть сопровождения продукции компании будет осуществлять поддержку пользователей комплектного ПО Amber наравне с поддержкой аппаратной составляющей.
Из аналогов приходят на ум только платы расширения для ускорения просчётов алгоритмов нечёткой логики («нейронные сети»), используемые в частности для прогнозов в финансовой и политической области и, насколько я знаю, до сих пор запрещённых к экспорту в некоторые страны (включая нашу). Так что появятся ли новинки от NEC в нашей стране – пока не ясно.