Эволюция сказала: «Глаза больше не нужны». История о том, как рыбы сознательно пожертвовали зрением ради выживания

Пост опубликован в блогах iXBT.com, его автор не имеет отношения к редакции iXBT.com
| Мнение | Флора и фауна

Представьте себе мир вечной тьмы, тишины и холода. Мир, где само понятие света — лишь далёкое эхо из прошлого, забытое миллионы лет назад. Именно в таких условиях, в затопленных пещерах на востоке США, обитают амблиопсовые рыбы — крошечные, призрачно-бледные создания, которые в ходе эволюции полностью отказались от глаз. Долгое время они оставались живой загадкой: как и когда они совершили этот переход? И почему природа так настойчиво «выключала» зрение у разных видов?

Недавнее исследование учёных из Йельского университета, опубликованное в Molecular Biology and Evolution, не просто отвечает на эти вопросы. Оно превращает этих слепых отшельников в уникальный инструмент для изучения прошлого нашей планеты. Оказалось, что в их ДНК записана не только история их собственного вида, но и возраст самих пещер, которые они называют домом.

Astyanax mexicanus, Characidae, слепая пещерная тетра; Государственный музей естественной истории Карлсруэ, Германия.
Автор: By H. Zell — Own work, CC BY-SA 3.0 Источник: commons.wikimedia.org
Молекулярные часы вместо глаз

Как заглянуть в прошлое на миллионы лет назад? Палеонтологи ищут окаменелости, геологи анализируют слои пород. А вот генетики нашли другой путь — они научились читать историю прямо в генах.

Идея довольно изящна. Гены, отвечающие за зрение, требуют от организма огромных затрат энергии на поддержание своей работы. Пока рыба живёт на поверхности, где есть свет, глаза — жизненно важный инструмент, и естественный отбор жёстко отбраковывает любые вредные мутации в «зрительных» генах. Но стоит предкам рыб переселиться в пещеру, как всё меняется. В абсолютной темноте глаза становятся не просто бесполезными, а настоящей обузой.

Тут-то и начинается самое интересное. Естественный отбор перестаёт «чинить» гены, связанные со зрением. Случайные мутации накапливаются в них, как пыль на заброшенном чердаке. Со временем эти гены полностью выходят из строя. Поскольку мутации происходят с относительно предсказуемой скоростью, количество накопленных «ошибок» в генах зрения работает как молекулярные часы. Чем больше поломок, тем дольше вид живёт в темноте.

Именно этот механизм и применили исследователи. Проанализировав 88 генов, связанных со зрением, они смогли отмотать плёнку назад и вычислить, когда предки каждого вида пещерных рыб начали свой путь во тьму. Для самого древнего вида, озаркской пещерной рыбы, эти часы показали ошеломляющую цифру — до 11 миллионов лет назад!

Временная шкала эволюции амблиопсовых пещерных рыб. Байесовская филогения всех признанных видов Percopsiformes, включая Amblyopsidae, датированная по терминальным ветвям и построенная на основе трёх наборов из 50 случайно отобранных ультраконсервативных элементов с использованием BEAST2. Цветные ветви указывают на предковые состояния, выведенные в рамках полиморфной модели признаков в phytools. Круговые диаграммы показывают предполагаемые состояния в узлах, где реконструкция предковых состояний неоднозначна (вероятность одного состояния <80%). Справа от филогении находятся визуализации сканов компьютерной томографии высокого разрешения черепов и скелетов перкопсиформ; номера рядом с метками ветвей указывают на соответствующий скан. Цвета костных групп на сканах обозначают: suspensorium (зелёный), циркуморбитальная серия (красный), нейрокраниум (аквамарин), оперкулярная серия (голубой), бранхиостегальная серия (тёмно-синий) и фарингобранхиальная серия (жёлтый). Римские цифры в узлах указывают на потенциальные эпизоды колонизации пещер, основанные исключительно на реконструкции предкового состояния среды обитания (сплошной круг — минимальное число возникновений; пунктирный круг — максимальное число возникновений). Abbreviations: Pal., Paleocene; Olig., Oligocene; N, Northern; S, Southern. Крестики (†) обозначают вымершие виды. Иллюстрации Юлии Джонсон (Julia Johnson, https://www.lifesciencestudios.com/) Цитирование: Chase D Brownstein, Maxime Policarpo, Richard C Harrington, Eva A Hoffman, Maya F Stokes, Didier Casane, Thomas J Near, Convergent Evolution in Amblyopsid Cavefishes and the Age of Eastern North American Subterranean Ecosystems, Molecular Biology and Evolution, Volume 42, Issue 8, August 2025, msaf185, https://doi.org/10.1093/molbev/msaf185
Автор: Chase D Brownstein et al Источник: academic.oup.com
Эволюция на повторе: каждый слеп по-своему

Анализ ДНК преподнёс ещё один сюрприз. Логично было бы предположить, что когда-то давно один вид рыб-первопроходцев потерял зрение, а затем его потомки расселились по разным пещерным системам. Но генетика рассказала совсем другую историю.

Выяснилось, что наборы мутаций, которые «сломали» зрение у разных видов, совершенно не совпадают. Это неопровержимое доказательство того, что как минимум четыре разные группы рыб, живших на поверхности, независимо друг от друга колонизировали пещеры. И каждая из них, столкнувшись с одинаковыми условиями — вечной тьмой, — пришла к одному и тому же эволюционному решению: избавиться от глаз.

Этот феномен называется конвергентной эволюцией — когда неродственные виды приобретают схожие черты, приспосабливаясь к одинаковой среде. Это одно из самых красивых доказательств силы естественного отбора. Условия диктуют правила, и эволюция находит самое оптимальное решение, даже если для этого приходится начинать с нуля несколько раз.

Интересно, что, по словам учёных, общий предок этих рыб, скорее всего, уже был неплохо подготовлен к жизни в сумраке. Даже его ближайший зрячий родственник, болотная рыба, имеет удлинённое тело и уплощённый череп — черты, идеально подходящие для навигации в тесных пространствах. Эволюция словно заранее вручила этим рыбам «билет» в подземный мир.

Сравнительная геномика североамериканских пещерных рыб. a) Филогения отряда Percopsiformes, построенная на основе 874 ультраконсервативных элементов с применением мульти-видового коалесцентного анализа ASTRAL-III. Она показывает предполагаемые случаи утраты зрения, выявленные с помощью сравнительного геномного анализа. Топология, построенная с использованием генов BUSCO, идентична. b, c) Сводные данные по всем выявленным генам BUSCO (b) и отдельным генам, связанным со светом (c). d) Сравнение долей псевдогенов, связанных со светом, у пещерных и обитающих на поверхности рыб отряда Percopsiformes, а также у двух внешних групп (Danio rerio, Gadus morhua). pGLS — филогенетическое обобщённое уравнение наименьших квадратов. e) Сравнение утрат и случаев псевдогенизации генов, связанных со светом, между видами и внутри них. Каждая строка показывает вариации в наличии генов и псевдогенизации среди исследованных особей определённого вида. f) Сравнение значений dN/dS для генов, связанных со светом, у Percopsiformes и двух внешних групп (D. rerio, G. morhua). g) Круговая диаграмма, показывающая сводные данные по типам мутаций, обнаруженных в генах, связанных со светом, у амблиопсовых пещерных рыб. h) Филогения, идентичная показанной в (a), с аннотациями, отражающими предполагаемую историю мутаций с потерей функции (LoF). Числа в узлах указывают на количество LoF-мутаций в данных узлах, а числа на концах ветвей — на общее число LoF-мутаций, обнаруженных у исследованных особей вида, но не реконструированных как предковые для вида в целом. Иллюстрации Юлии Джонсон (Julia Johnson, https://www.lifesciencestudios.com/). Цитирование: Chase D Brownstein, Maxime Policarpo, Richard C Harrington, Eva A Hoffman, Maya F Stokes, Didier Casane, Thomas J Near, Convergent Evolution in Amblyopsid Cavefishes and the Age of Eastern North American Subterranean Ecosystems, Molecular Biology and Evolution, Volume 42, Issue 8, August 2025, msaf185, https://doi.org/10.1093/molbev/msaf185
Автор: Chase D Brownstein et al Источник: academic.oup.com
Рыба-геолог: датируем пещеры по ДНК

Пожалуй, самый неожиданный результат исследования выходит далеко за рамки биологии. Разработанные учёными «мутационные часы» позволили решить давнюю геологическую проблему.

Дело в том, что традиционные методы датировки пещер, например, анализ космогенных нуклидов (изотопов, образующихся в породе под действием космических лучей), имеют предел. Они надёжно работают лишь для объектов возрастом до 3-5 миллионов лет. Что было раньше — оставалось полем для догадок.

А логика генетиков проста: рыба не могла начать терять зрение до того, как попала в пещеру. Значит, момент начала дегенерации глаз — это минимальная отметка возраста самой подземной экосистемы. Если озаркская рыба начала слепнуть 11 миллионов лет назад, значит, её пещерный дом существует как минимум столько же. Это открытие отодвигает возраст известных подземных систем Северной Америки на миллионы лет в прошлое. Маленькая слепая рыба оказалась более точным геологическим инструментом, чем сложные изотопные анализы.

Эволюционная история псевдогенизации у Amblyopsidae. Байесовская филогения, датированная по узлам и построенная с использованием BEAST2, показывает распределение и предполагаемые моменты псевдогенизации псевдогенов, связанных со светом, у Percopsiformes (a, b). Полосы вдоль ветвей (b) указывают на предполагаемые события дегенерации между видами, а полосы справа от концов ветвей — на псевдогены (a), обнаруженные у исследованных особей вида, но не реконструированные как предковые для самого вида. Иллюстрации Юлии Джонсон (Julia Johnson, https://www.lifesciencestudios.com/). Цитирование: Chase D Brownstein, Maxime Policarpo, Richard C Harrington, Eva A Hoffman, Maya F Stokes, Didier Casane, Thomas J Near, Convergent Evolution in Amblyopsid Cavefishes and the Age of Eastern North American Subterranean Ecosystems, Molecular Biology and Evolution, Volume 42, Issue 8, August 2025, msaf185, https://doi.org/10.1093/molbev/msaf185
Автор: Chase D Brownstein et al Источник: academic.oup.com
Неожиданный поворот: от пещер к медицине

История пещерных рыб имеет и прямое отношение к человеку. Учёные обнаружили, что многие генетические мутации, приведшие к слепоте у рыб, поразительно похожи на те, что вызывают наследственные заболевания глаз у людей, например, пигментный ретинит.

Пещерные рыбы — это, по сути, природный эксперимент, который длится миллионы лет. Изучая, как их организмы адаптировались к потере зрения и какие генетические механизмы за этим стояли, мы можем получить бесценные знания для трансляционной медицины. Понимание того, как и почему «ломаются» гены зрения в природе, может подсказать новые пути для лечения человеческих болезней.

Так крошечное, невзрачное существо из глубин земли становится ключом к пониманию фундаментальных законов эволюции, инструментом для геологов и неожиданной надеждой для медицины. И всё это записано в его ДНК — книге, которую мы только начинаем учиться читать. Иногда, чтобы увидеть далёкое прошлое, нужно внимательно посмотреть на тех, кто давно разучился видеть настоящее.

Изображение в превью:
Автор: By H. Zell - Own work, CC BY-SA 3.0
Источник: commons.wikimedia.org

Сейчас на главной

Новости

Публикации

Обзор наушников Ugreen Studio Pro: LDAC с быстрой зарядкой и автономностью в 120 часов

Современные беспроводные наушники уже давно перестали быть просто аксессуаром для прослушивания музыки — это полноценные мультимедийные устройства, которые могут сочетать высокое...

Интерфейсу Microsoft Bob 30 лет: почему многообещающий проект стал самым большим провалом в истории компании

В середине 1990-х годов Microsoft стояла на пике своего влияния в мире персональных компьютеров. Windows 3.1 доминировала на рынке, а предстоящий выпуск Windows 95 обещал настоящую революцию....

Игровой нетбук с Ultrawide OLED и механической клавиатурой: на Kickstarter представили Kernelcom

На площадке Kickstarter в ноябре стартовала кампания по сбору средств на Kernelcom — необычный гибрид мини-ПК, механической клавиатуры и Ultrawide-дисплея. Устройство позиционируется как...

Почему опасно сканировать QR-коды на улице: что может случиться с телефоном

  • Тематическая подборка
  • Оффтопик
Сегодня QR-коды есть везде — на столбах, остановках, подъездах, банкоматах, уличных объявлениях и вывесках «скидка 50%». Они обещают всё: быструю оплату, подарок, бонус, ссылку на карту,...

Электрический камуфляж: как рыбы используют слабое поле для невидимости в воде

В природе существуют способы маскировки, выходящие за рамки визуальной или звуковой адаптации. В темных водах Амазонки и Африки обитают слабоэлектрические рыбы, которые научились управлять своим...

Попадание в топ: обзор платы усилителя мощности Wondom BDM8-A на TPA3255

Продолжаем знакомиться с наборами для самостоятельного создания аудио усилителей. Выбор плат для DIY огромен, но у каждой есть свои нюансы. Сегодня рассмотрим недорогую плату стерео усилителя...