BGI переводит обработку данных ДНК на графические процессоры NVIDIA Tesla

1174
NVIDIA Logo

NVIDIA объявила о том, что BGI, самый крупный в мире институт геномики, сократил время анализа пакетов данных ДНК с почти четырех дней до всего шести часов с помощью серверов на базе GPU NVIDIA Tesla.

Это ускорение является важным шагом к пониманию в доступной форме того, из каких химических блоков состоит молекула ДНК. Одной из важнейших целей работы всей индустрии является получение генома за 1000 долларов – только тогда геномика сможет практически использоваться в клинических анализах как часть лечебного процесса пациента.

Лаборатория BGI

Исследователи и сотрудники BGI разработали три приложения анализа данных генома, которые могут ускоряться графическими процессорами NVIDIA Tesla:

  • Блок выравнивания SOAP3 – сравнивает короткие последовательности из секвенатора с существующими стандартными геномными последовательностями. С помощью GPU-ускорения скорость его работы вырастает на порядок. Это означает, что можно быстро организовать секвентирование и сборку отдельных геномов для сравнения с предыдущими результатами, чтобы определить будущие потенциальные состояния болезни и методы лечения.
  • GSNP (определение ОНП) – GPU-ускоренная версия распространенного программного обеспечения SOAPsnp, которое определяет изменение единичного однонуклеотидного полиморфизма в ДНК генома. Эти изменения можно использовать в изучении того, как индивидуумы по-разному переносят болезни и реагируют на бактерии, вирусы и препараты.
  • GAMA (инструмент генотипирования высокого разрешения) – находит распределение или частоту определенных вариантов гена, таких, как цвет глаз или предрасположение к раку предстательной железы, в наборе генов.

BGI проделывает огромную работу в секвентировании геномов широкого спектра форм жизни – от растений и кишечной палочки до больших панд, чтобы создавать более эффективные препараты, улучшать систему здравоохранения и производить генетически улучшенную пищу. В ближайшем времени результаты работы BGI превысят эквивалент в более чем 700 000 человеческих геномов в год. Это невероятный результат по сравнению с ранним этапом, когда на секвентирование одного генома уходило 13 лет.

Графические процессоры Tesla – это массивно параллельные ускорители на базе архитектуры параллельных вычислений NVIDIA CUDA. Разработчики приложений могут ускорять свои приложения с помощью CUDA C, CUDA C++, CUDA Fortran или простых компиляторов на базе директив.

15 декабря 2011

08:00

Ctrl
ПредыдущаяСледующая

Все новости за сегодня

Представлена камера Nikon D850: Рекомендованная производителем цена новинки примерно равна $3300

Опубликовано изображение, на котором сравниваются Xiaomi Mi Mix, Xiaomi Mi Mi 2 и Samsung Galaxy S8:

Беспроводная гарнитура Meizu EP52 оценена в $45: Гарнитура защищена от попадания влаги в соответствии с требованиями класса IPX5

Надписи на клавишах клавиатуры Cherry MX Board 5.0 выполнены эксклюзивным шрифтом: Цена новинки — 159 евро3

Предыдущие владельцы Galaxy Note7 могут сэкономить при покупке Note8 до $425: Акция ограничена онлайновым магазином Samsung в США9

Описание умного браслета Samsung Gear Fit2 Pro замечено на сайте производителя: О цене официальной информации пока нет

Представлен смартфон Samsung Galaxy Note8: Прием предварительных заказов начнется 24 августа65

Microsoft Project Brainwave — искусственный интеллект в реальном времени: Высокое быстродействие обеспечено использованием FPGA 7

Массивная утечка сведений о камере Nikon D850 произошла накануне анонса: В камере используется датчик изображения типа CMOS разрешением 45,7 Мп18

1318

iXBT TV

  • Обзор изогнутого монитора Samsung C24FG70FQI с поддержкой AMD FreeSync и частоты 144 Гц

  • Электро-Maybach, топовая Nokia и действительно оригинальный смартфон

  • Обзор видеоускорителя AMD Radeon RX Vega 64

  • Обзор легкой, компактной и дешевой мясорубки Kitfort KT-2101 Carnivora

  • Обзор беззеркальной фотокамеры Fujifilm X-T20

  • Обзор кинотеатрального DLP-проектора BenQ W11000 с эмуляцией разрешения 4К

  • AMD Ryzen Threadripper 1920Х и 1950X — тестирование 12-ядерного и 16-ядерного процессоров

  • Обзор мини-ПК ECS Liva Z на базе процессора Apollo Lake

  • Самый лучший процессор, неудачи Microsoft, гибкие наушники Samsung

  • Обзор цветного МФУ Xerox VersaLink C405 для малых и средних офисов

  • Обзор умного чайника Redmond SkyKettle RK-G200S с подсветкой и нагревом воды до нужной температуры

  • Конфигурируем мини-ПК: изучаем влияние памяти и накопителя на быстродействие системы

1212

Календарь

декабрь
Пн
Вт
Ср
Чт
Пт
Сб
Вс

Рекомендуем почитать